Em julho de 1998, um grupo de professores que trabalhavam na Escola Estadual Profº Antônio José Pedroso, tiveram a ideia de fundar uma escola de ensino fundamental e médio supletivo, visto a grande procura de alunos, já que o Colégio São Luís estava terminando as últimas turmas.
Várias reuniões foram feitas para definir o grupo, chegando a 11 sócios-fundadores, inaugurado em 30/01/1999.
Em março de 1999 a Profª Maria Odila Senem Agassi se desligou da sociedade e em 2000 a Profª Rejane Maria Bruno Penariol também, permanecendo os demais sócios.
Foi escolhido o prédio do antigo Laboratório Vigor na Rua Vinte e Quatro de Maio, nº 1365 para ser a Sede da escola. A mesma foi criada no dia 23/01/1999 com a publicação no DOE na mesma data e inaugurada em 30/01/1999. O curso teve início com setenta e um alunos do ensino fundamental e médio supletivo.
No ano de 2000, foi criado o ensino fundamental regular (5ª Série) com quatro alunos, publicado no DOE de 14/12/1999, pág. 17. Em 2002 eram criados os primeiros cursos profissionalizantes:
Técnico em Segurança no Trabalho publicado no DOE de 24/01/2001; pág. 24, e Técnico em Contabilidade publicado no DOE 29/12/2001, págs. 34 e 35.
No ano de 2003, foram ampliadas as instalações com mais oito salas no antigo prédio da Padaria Paulista, na Rua Vinte e Quatro de Maio, 1355.
Em julho de 2004, os sócios mantenedores adquiriram uma área de sete mil metros quadrados, na Avenida Profº Vicente Quirino, nºs 664/644, no bairro da Aparecida, para a construção da sede própria.
Em outubro de 2005, foi iniciada a construção do prédio de dois andares com dezesseis salas (Bloco A).
No mesmo ano criou-se o curso do ensino médio publicado no DOE de 09/03/2005.
No dia 28/07/2007 foi inaugurado o Bloco A do Colégio Nossa Senhora do Carmo.
Em outubro/2007 teve início a construção de mais doze salas (Bloco B) andar inferior, com oito salas de aula, laboratório de ciências físicas e biológicas, biblioteca, laboratório de informática e auditório.